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Para que el SAT nos permita cancelar un CFDI se requiere enviar una solicitud de cancelación y que el receptor acepte dicha solicitud, en caso que la solicitud de cancelación no requiera aceptación por parte del receptor, la factura se cancelará en forma automática. Por lo que es probable que aparezca un mensaje de error como el siguiente:

Si aparece este mensaje de error, se recomienda esperar unos minutos e intentar de nuevo la cancelación.
De acuerdo al manual del SAT, El proceso de cancelación será el siguiente:
1. Los emisores deberán enviar la solicitud de cancelación de la factura a través del Portal del SAT o de los servicios un proveedor de certificación.
2. Cuando se requiera la aceptación para la cancelación, el receptor de la factura, recibirá un mensaje de interés en su Buzón Tributario, informando que existe una solicitud de cancelación.
3. El receptor deberá manifestar la aceptación o rechazo de la cancelación a través del Portal del SAT o bien vía Proveedor de certificación, dentro de los tres días hábiles siguientes contados a partir de la recepción de la solicitud. De no emitir respuesta, se considera como una positiva ficta y la factura será cancelada.
Una vez que el emisor ha solicitado la cancelación de una factura y el receptor se ha manifestado rechazando la misma, en caso de que el emisor vuelva a presentar solicitud de cancelación del mismo CFDI (por segunda o ulterior ocasión), si el receptor no acepta expresamente dicha solicitud una vez transcurridos los tres días hábiles (partiendo desde que se recibió la solicitud de cancelación), la autoridad fiscal tendrá por rechazada esta solicitud
4. El emisor recibe la respuesta del receptor (aceptada o rechazada), o bien si el receptor no manifestó respuesta, se informará que la factura se canceló por plazo vencido
Si la factura a cancelar cuenta con comprobantes relacionados vigentes, el emisor sólo podrá cancelarla siempre que primero se cancelen las facturas relacionadas y posteriormente se cancele la factura origen.
Conforme a la regla 2.7.1.39 de la Resolución Miscelánea Fiscal 2017, publicadas en el Diario Oficial de la Federación (DOF) el 18 de julio del mismo año, para cancelar las facturas sin aprobación se necesita cumplir con alguna de las siguientes estipulaciones.
Si la cancelación se realiza dentro de los tres días siguientes a su expedición.
El CFDI de ingreso debe tener un monto máximo de 5 mil pesos.
Si es un CFDI de nómina, de egresos o de traslado.
Si es un CFDI de ingresos, pero se expide a contribuyentes del RIF.
Cuando se emite a través de la herramienta de Mis Cuentas del SAT.
Los que se emitan a residentes en el extranjero y público en general.
CFDI de retenciones e información de pagos.
Facturas emitidas a través del adquiriente y sector primario.
CFDI emitidos por algún integrante del Sistema Financiero.